A raíz de la liquidación de la Empresa Puertos de Colombia, mediante la Ley 1ª de 1991, se creó la Superintendencia General de Puertos, la cual tenía como función además de inspeccionar, vigilar y controlar la actividad portuaria, otorgar en concesión los bienes públicos de la Nación que eran susceptibles de realizar actividad portuaria, para lo cual contaba además de la sede principal en Bogotá, con el apoyo de las direcciones regionales en Barranquilla, Cartagena, Santa Marta y Buenaventura. Con la creación de la Superintendencia General de Puertos se nombró como Superintendente General de Puertos, el 2 de marzo de 1992, al Doctor Edgardo Martínez Pareja, quien hasta el 6 de septiembre de 1992, se encargo de darle norte a la recién creada Superintendencia. Desde el 7 de septiembre de 1992 y hasta el 28 de septiembre de 1994, estuvo nombrado el Doctor Mayron Adalberto Vergel Armenta, quien dio inicio al otorgamiento de concesiones de operación Portuaria. Del 29 de septiembre de 1994 hasta el 2 de mayo de 1996, tal designación fue concedida al Doctor Gustavo Adolfo Gómez Cardona, quien con el programa “Colombia puerta y puente del Mundo” buscó la internacionalización de los Puertos del País. Con la llegada del Doctor Juan Carlos Aldana Aldana el 3 de mayo de 1996, se realiza la primera ampliación y reclasificación de la planta de personal de la Superintendencia General de Puertos, con la que se crearon 5 Grupos Internos de Trabajo en las ciudades de Coveñas, Riohacha, San Andrés, Turbo y Tumaco. El 27 de agosto de 1998, el doctor Juan Manuel Barraza Gómez recibe la dirección de la Superintendencia y realiza la primera reestructuración de la Entidad, con la que se da origen a la Superintendencia de Puertos y Transporte, de conformidad con los Decretos 101 y 1016 de 2000, desapareciendo las Direcciones y los Grupos Internos de Trabajo Regionales, dicha labor culminó el 31 de julio de 2000. El 8 de septiembre de 2000 el doctor Roberto Hoyos Ruiz recibió la distinción de Superintendente de Puertos y Transporte, quien en su administración dio los parámetros para realizar las nuevas funciones de la Entidad, se dio inicio a la sistematización de la Entidad y se implementó y reglamentó por primera vez el Plan de Bienestar Social e Incentivos dirigido a los funcionarios de la Superintendencia de Puertos y Transporte en lo atinente a la Capacitación Formal, labor que continua desde el 24 de abril de 2001 el doctor Fernando Augusto Sanclemente Alzate.